edist : 1 : 0 : 0 :        e1 # one single residue emission distribution
edist : 2 : 0 : 1 : _WW_ : e1 # one cWW basepair distribution  
edist : 2 : 2 : 1 : _WW_ : e1 # one cWW basepair distribution with context 
S --> a:i e1 S(i+1,j) | a:i&k:i-1,k+1 e1 S(i+1,k-1) S(k+1,j) | e
