ER, Tue Oct 23 09:34:13 EDT 2012


Train several typical models:
---------------------------
cd ~/src/tornado/notebook/23-10_train
mkdir g6
mkdir g6s
mkdir basic_grammar_noldist_5ed
mkdir basic_grammar
mkdir basic_grammar_nostack
mkdir basic_grammar_nostack_wcx

on benchmark files:
------------------
~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestA.sto
~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestB.sto
~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestATestB.sto
~/src/tornado/data/non_wc/TORNADO/tmark/tmark-Widmann_RNA2012-test.sto 

~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrA.sto
~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrB.sto
~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrATrBTrB.sto
~/src/tornado/data/non_wc/TORNADO/tmark/tmark-Widmann_RNA2012-train.sto 


run:
----
cd ~/src/tornado/notebook/23-10_train/g6
qsub -N g6_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestA_marginal.param --null TORNADO_TestA_null.param --countsavefile TORNADO_TestA_g6.counts ~/src/tornado/grammars/g6.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestA.sto TORNADO_TestA_g6.param > TORNADO_TestA_g6.mpitrain'
qsub -N g6_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestB_marginal.param --null TORNADO_TestB_null.param --countsavefile TORNADO_TestB_g6.counts ~/src/tornado/grammars/g6.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestB.sto TORNADO_TestB_g6.param > TORNADO_TestB_g6.mpitrain'
qsub -N g6_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestATestB_marginal.param --null TORNADO_TestATestB_null.param --countsavefile TORNADO_TestATestB_g6.counts ~/src/tornado/grammars/g6.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestATestB.sto TORNADO_TestATestB_g6.param > TORNADO_TestATestB_g6.mpitrain'
qsub -N g6_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile tmark-Widmann_RNA2012-test_marginal.param --null tmark-Widmann_RNA2012-test_null.param --countsavefile tmark-Widmann_RNA2012-test_g6.counts ~/src/tornado/grammars/g6.grm ~/src/tornado/data/non_wc/TORNADO/tmark/tmark-Widmann_RNA2012-test.sto tmark-Widmann_RNA2012-test_g6.param > tmark-Widmann_RNA2012-test_g6.mpitrain'
qsub -N g6_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrA_marginal.param --null TORNADO_TrA_null.param --countsavefile TORNADO_TrA_g6.counts ~/src/tornado/grammars/g6.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrA.sto TORNADO_TrA_g6.param > TORNADO_TrA_g6.mpitrain'
qsub -N g6_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrB_marginal.param --null TORNADO_TrB_null.param --countsavefile TORNADO_TrB_g6.counts ~/src/tornado/grammars/g6.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrB.sto TORNADO_TrB_g6.param > TORNADO_TrB_g6.mpitrain'
qsub -N g6_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrATrB_marginal.param --null TORNADO_TrATrB_null.param --countsavefile TORNADO_TrATrB_g6.counts ~/src/tornado/grammars/g6.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrATrB.sto TORNADO_TrATrB_g6.param > TORNADO_TrATrB_g6.mpitrain'
qsub -N g6_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile tmark-Widmann_RNA2012-train_marginal.param --null tmark-Widmann_RNA2012-train_null.param --countsavefile tmark-Widmann_RNA2012-train_g6.counts ~/src/tornado/grammars/g6.grm ~/src/tornado/data/non_wc/TORNADO/tmark/tmark-Widmann_RNA2012-train.sto tmark-Widmann_RNA2012-train_g6.param > tmark-Widmann_RNA2012-train_g6.mpitrain'

cd ~/src/tornado/notebook/23-10_train/g6s
qsub -N g6s_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestA_marginal.param --null TORNADO_TestA_null.param --countsavefile TORNADO_TestA_g6s.counts ~/src/tornado/grammars/g6s.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestA.sto TORNADO_TestA_g6s.param > TORNADO_TestA_g6s.mpitrain'
qsub -N g6s_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestB_marginal.param --null TORNADO_TestB_null.param --countsavefile TORNADO_TestB_g6s.counts ~/src/tornado/grammars/g6s.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestB.sto TORNADO_TestB_g6s.param > TORNADO_TestB_g6s.mpitrain'
qsub -N g6s_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestATestB_marginal.param --null TORNADO_TestATestB_null.param --countsavefile TORNADO_TestATestB_g6s.counts ~/src/tornado/grammars/g6s.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestATestB.sto TORNADO_TestATestB_g6s.param > TORNADO_TestATestB_g6s.mpitrain'
qsub -N g6s_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile tmark-Widmann_RNA2012-test_marginal.param --null tmark-Widmann_RNA2012-test_null.param --countsavefile tmark-Widmann_RNA2012-test_g6s.counts ~/src/tornado/grammars/g6s.grm ~/src/tornado/data/non_wc/TORNADO/tmark/tmark-Widmann_RNA2012-test.sto tmark-Widmann_RNA2012-test_g6s.param > tmark-Widmann_RNA2012-test_g6s.mpitrain'
qsub -N g6s_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrA_marginal.param --null TORNADO_TrA_null.param --countsavefile TORNADO_TrA_g6s.counts ~/src/tornado/grammars/g6s.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrA.sto TORNADO_TrA_g6s.param > TORNADO_TrA_g6s.mpitrain'
qsub -N g6s_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrB_marginal.param --null TORNADO_TrB_null.param --countsavefile TORNADO_TrB_g6s.counts ~/src/tornado/grammars/g6s.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrB.sto TORNADO_TrB_g6s.param > TORNADO_TrB_g6s.mpitrain'
qsub -N g6s_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrATrB_marginal.param --null TORNADO_TrATrB_null.param --countsavefile TORNADO_TrATrB_g6s.counts ~/src/tornado/grammars/g6s.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrATrB.sto TORNADO_TrATrB_g6s.param > TORNADO_TrATrB_g6s.mpitrain'
qsub -N g6s_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile tmark-Widmann_RNA2012-train_marginal.param --null tmark-Widmann_RNA2012-train_null.param --countsavefile tmark-Widmann_RNA2012-train_g6s.counts ~/src/tornado/grammars/g6s.grm ~/src/tornado/data/non_wc/TORNADO/tmark/tmark-Widmann_RNA2012-train.sto tmark-Widmann_RNA2012-train_g6s.param > tmark-Widmann_RNA2012-train_g6s.mpitrain'

cd ~/src/tornado/notebook/23-10_train/basic_grammar_noldist_5ed
qsub -N basic_grammar_noldist_5ed_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestA_marginal.param --null TORNADO_TestA_null.param --countsavefile TORNADO_TestA_basic_grammar_noldist_5ed.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_noldist_5ed.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestA.sto TORNADO_TestA_basic_grammar_noldist_5ed.param > TORNADO_TestA_basic_grammar_noldist_5ed.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_noldist_5ed_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestB_marginal.param --null TORNADO_TestB_null.param --countsavefile TORNADO_TestB_basic_grammar_noldist_5ed.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_noldist_5ed.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestB.sto TORNADO_TestB_basic_grammar_noldist_5ed.param > TORNADO_TestB_basic_grammar_noldist_5ed.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_noldist_5ed_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestATestB_marginal.param --null TORNADO_TestATestB_null.param --countsavefile TORNADO_TestATestB_basic_grammar_noldist_5ed.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_noldist_5ed.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestATestB.sto TORNADO_TestATestB_basic_grammar_noldist_5ed.param > TORNADO_TestATestB_basic_grammar_noldist_5ed.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_noldist_5ed_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile tmark-Widmann_RNA2012-test_marginal.param --null tmark-Widmann_RNA2012-test_null.param --countsavefile tmark-Widmann_RNA2012-test_basic_grammar_noldist_5ed.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_noldist_5ed.grm ~/src/tornado/data/non_wc/TORNADO/tmark/tmark-Widmann_RNA2012-test.sto tmark-Widmann_RNA2012-test_basic_grammar_noldist_5ed.param > tmark-Widmann_RNA2012-test_basic_grammar_noldist_5ed.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_noldist_5ed_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrA_marginal.param --null TORNADO_TrA_null.param --countsavefile TORNADO_TrA_basic_grammar_noldist_5ed.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_noldist_5ed.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrA.sto TORNADO_TrA_basic_grammar_noldist_5ed.param > TORNADO_TrA_basic_grammar_noldist_5ed.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_noldist_5ed_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrB_marginal.param --null TORNADO_TrB_null.param --countsavefile TORNADO_TrB_basic_grammar_noldist_5ed.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_noldist_5ed.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrB.sto TORNADO_TrB_basic_grammar_noldist_5ed.param > TORNADO_TrB_basic_grammar_noldist_5ed.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_noldist_5ed_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrATrB_marginal.param --null TORNADO_TrATrB_null.param --countsavefile TORNADO_TrATrB_basic_grammar_noldist_5ed.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_noldist_5ed.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrATrB.sto TORNADO_TrATrB_basic_grammar_noldist_5ed.param > TORNADO_TrATrB_basic_grammar_noldist_5ed.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_noldist_5ed_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile tmark-Widmann_RNA2012-train_marginal.param --null tmark-Widmann_RNA2012-train_null.param --countsavefile tmark-Widmann_RNA2012-train_basic_grammar_noldist_5ed.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_noldist_5ed.grm ~/src/tornado/data/non_wc/TORNADO/tmark/tmark-Widmann_RNA2012-train.sto tmark-Widmann_RNA2012-train_basic_grammar_noldist_5ed.param > tmark-Widmann_RNA2012-train_basic_grammar_noldist_5ed.mpitrain'

cd ~/src/tornado/notebook/23-10_train/basic_grammar
qsub -N basic_grammar_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestA_marginal.param --null TORNADO_TestA_null.param --countsavefile TORNADO_TestA_basic_grammar.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestA.sto TORNADO_TestA_basic_grammar.param > TORNADO_TestA_basic_grammar.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestB_marginal.param --null TORNADO_TestB_null.param --countsavefile TORNADO_TestB_basic_grammar.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestB.sto TORNADO_TestB_basic_grammar.param > TORNADO_TestB_basic_grammar.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestATestB_marginal.param --null TORNADO_TestATestB_null.param --countsavefile TORNADO_TestATestB_basic_grammar.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestATestB.sto TORNADO_TestATestB_basic_grammar.param > TORNADO_TestATestB_basic_grammar.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile tmark-Widmann_RNA2012-test_marginal.param --null tmark-Widmann_RNA2012-test_null.param --countsavefile tmark-Widmann_RNA2012-test_basic_grammar.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar.grm ~/src/tornado/data/non_wc/TORNADO/tmark/tmark-Widmann_RNA2012-test.sto tmark-Widmann_RNA2012-test_basic_grammar.param > tmark-Widmann_RNA2012-test_basic_grammar.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrA_marginal.param --null TORNADO_TrA_null.param --countsavefile TORNADO_TrA_basic_grammar.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrA.sto TORNADO_TrA_basic_grammar.param > TORNADO_TrA_basic_grammar.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrB_marginal.param --null TORNADO_TrB_null.param --countsavefile TORNADO_TrB_basic_grammar.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrB.sto TORNADO_TrB_basic_grammar.param > TORNADO_TrB_basic_grammar.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrATrB_marginal.param --null TORNADO_TrATrB_null.param --countsavefile TORNADO_TrATrB_basic_grammar.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrATrB.sto TORNADO_TrATrB_basic_grammar.param > TORNADO_TrATrB_basic_grammar.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile tmark-Widmann_RNA2012-train_marginal.param --null tmark-Widmann_RNA2012-train_null.param --countsavefile tmark-Widmann_RNA2012-train_basic_grammar.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar.grm ~/src/tornado/data/non_wc/TORNADO/tmark/tmark-Widmann_RNA2012-train.sto tmark-Widmann_RNA2012-train_basic_grammar.param > tmark-Widmann_RNA2012-train_basic_grammar.mpitrain'

cd ~/src/tornado/notebook/23-10_train/basic_grammar_nostack
qsub -N basic_grammar_nostack_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestA_marginal.param --null TORNADO_TestA_null.param --countsavefile TORNADO_TestA_basic_grammar_nostack.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestA.sto TORNADO_TestA_basic_grammar_nostack.param > TORNADO_TestA_basic_grammar_nostack.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_nostack_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestB_marginal.param --null TORNADO_TestB_null.param --countsavefile TORNADO_TestB_basic_grammar_nostack.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestB.sto TORNADO_TestB_basic_grammar_nostack.param > TORNADO_TestB_basic_grammar_nostack.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_nostack_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestATestB_marginal.param --null TORNADO_TestATestB_null.param --countsavefile TORNADO_TestATestB_basic_grammar_nostack.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestATestB.sto TORNADO_TestATestB_basic_grammar_nostack.param > TORNADO_TestATestB_basic_grammar_nostack.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_nostack_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile tmark-Widmann_RNA2012-test_marginal.param --null tmark-Widmann_RNA2012-test_null.param --countsavefile tmark-Widmann_RNA2012-test_basic_grammar_nostack.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack.grm ~/src/tornado/data/non_wc/TORNADO/tmark/tmark-Widmann_RNA2012-test.sto tmark-Widmann_RNA2012-test_basic_grammar_nostack.param > tmark-Widmann_RNA2012-test_basic_grammar_nostack.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_nostack_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrA_marginal.param --null TORNADO_TrA_null.param --countsavefile TORNADO_TrA_basic_grammar_nostack.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrA.sto TORNADO_TrA_basic_grammar_nostack.param > TORNADO_TrA_basic_grammar_nostack.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_nostack_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrB_marginal.param --null TORNADO_TrB_null.param --countsavefile TORNADO_TrB_basic_grammar_nostack.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrB.sto TORNADO_TrB_basic_grammar_nostack.param > TORNADO_TrB_basic_grammar_nostack.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_nostack_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrATrB_marginal.param --null TORNADO_TrATrB_null.param --countsavefile TORNADO_TrATrB_basic_grammar_nostack.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrATrB.sto TORNADO_TrATrB_basic_grammar_nostack.param > TORNADO_TrATrB_basic_grammar_nostack.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_nostack_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile tmark-Widmann_RNA2012-train_marginal.param --null tmark-Widmann_RNA2012-train_null.param --countsavefile tmark-Widmann_RNA2012-train_basic_grammar_nostack.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack.grm ~/src/tornado/data/non_wc/TORNADO/tmark/tmark-Widmann_RNA2012-train.sto tmark-Widmann_RNA2012-train_basic_grammar_nostack.param > tmark-Widmann_RNA2012-train_basic_grammar_nostack.mpitrain'

cd ~/src/tornado/notebook/23-10_train/basic_grammar_nostack_wcx
qsub -N basic_grammar_nostack_wcx_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestA_marginal.param --null TORNADO_TestA_null.param --countsavefile TORNADO_TestA_basic_grammar_nostack_wcx.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack_wcx.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestA.sto TORNADO_TestA_basic_grammar_nostack_wcx.param > TORNADO_TestA_basic_grammar_nostack_wcx.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_nostack_wcx_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestB_marginal.param --null TORNADO_TestB_null.param --countsavefile TORNADO_TestB_basic_grammar_nostack_wcx.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack_wcx.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestB.sto TORNADO_TestB_basic_grammar_nostack_wcx.param > TORNADO_TestB_basic_grammar_nostack_wcx.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_nostack_wcx_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TestATestB_marginal.param --null TORNADO_TestATestB_null.param --countsavefile TORNADO_TestATestB_basic_grammar_nostack_wcx.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack_wcx.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TestATestB.sto TORNADO_TestATestB_basic_grammar_nostack_wcx.param > TORNADO_TestATestB_basic_grammar_nostack_wcx.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_nostack_wcx_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile tmark-Widmann_RNA2012-test_marginal.param --null tmark-Widmann_RNA2012-test_null.param --countsavefile tmark-Widmann_RNA2012-test_basic_grammar_nostack_wcx.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack_wcx.grm ~/src/tornado/data/non_wc/TORNADO/tmark/tmark-Widmann_RNA2012-test.sto tmark-Widmann_RNA2012-test_basic_grammar_nostack_wcx.param > tmark-Widmann_RNA2012-test_basic_grammar_nostack_wcx.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_nostack_wcx_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrA_marginal.param --null TORNADO_TrA_null.param --countsavefile TORNADO_TrA_basic_grammar_nostack_wcx.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack_wcx.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrA.sto TORNADO_TrA_basic_grammar_nostack_wcx.param > TORNADO_TrA_basic_grammar_nostack_wcx.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_nostack_wcx_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrB_marginal.param --null TORNADO_TrB_null.param --countsavefile TORNADO_TrB_basic_grammar_nostack_wcx.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack_wcx.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrB.sto TORNADO_TrB_basic_grammar_nostack_wcx.param > TORNADO_TrB_basic_grammar_nostack_wcx.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_nostack_wcx_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile TORNADO_TrATrB_marginal.param --null TORNADO_TrATrB_null.param --countsavefile TORNADO_TrATrB_basic_grammar_nostack_wcx.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack_wcx.grm ~/src/tornado/data/TORNADO/RNA2011_benchmark/TORNADO_TrATrB.sto TORNADO_TrATrB_basic_grammar_nostack_wcx.param > TORNADO_TrATrB_basic_grammar_nostack_wcx.mpitrain'
qsub -N basic_grammar_nostack_wcx_train -cwd -b y -V -j y  -o /dev/null -pe impi 150 'mpirun -np 150 ~/src/tornado/src/grm-train --mpi --ml --margsavefile tmark-Widmann_RNA2012-train_marginal.param --null tmark-Widmann_RNA2012-train_null.param --countsavefile tmark-Widmann_RNA2012-train_basic_grammar_nostack_wcx.counts ~/src/tornado/grammars/basic_grammar_nostack_wcx.grm ~/src/tornado/data/non_wc/TORNADO/tmark/tmark-Widmann_RNA2012-train.sto tmark-Widmann_RNA2012-train_basic_grammar_nostack_wcx.param > tmark-Widmann_RNA2012-train_basic_grammar_nostack_wcx.mpitrain'
